Conforme a la Codificación de la Ley Orgánica de Educación Intercultural (CLOEI), el SEIBE incluye:
- La Autoridad Educativa Nacional.
- El Consejo Plurinacional SEIBE.
- La Secretaría del SEIBE con niveles zonales y distritales.
- Centros educativos comunitarios interculturales bilingües y de la etnoeducación.
Está integrado por:
- Autoridades Públicas; MINEDUC, SEIBE, SNP, SENESCYT.
- Representantes de las nacionalidades indígenas, pueblos; montubio y afroecuatoriano.
Cada pueblo y nacionalidad indígena cuenta con un representante en el Consejo, designado por procesos comunitarios, con periodos de dos años y posibilidad de reelección.